喀痰や尿、膿、便などの様々な検体材料をスライドグラスに塗布した後、グラム染色して顕微鏡で観察し、感染症の病原菌を推定します。その後菌を発育させるために栄養豊富な寒天培地に検体を塗布して、培養分離した菌について機械などを用いて菌名の同定と薬剤感受性検査を行います。

細菌のなかには本来効く抗菌薬が効かなくなる耐性菌（MRSAやESBL、多剤耐性緑膿菌など）が検出されることがあり、こうした耐性菌が院内で蔓延しないように臨床側に報告しています。

また、本来無菌状態である血液中に細菌が存在しているかを調べる血液培養検査では、全自動血液培養装置により24時間監視体制をとっており、敗血症など重篤な血流感染症に対し迅速に対応しています。

イムノクロマト法を利用した迅速抗原検査を行っています。主にインフルエンザ・ノロ・ロタなどのウイルスや、肺炎の起炎菌となる肺炎球菌・レジオネラ属菌、咽頭炎の起炎菌となるA群溶連菌などを検査しています。

SARS-Cov-2ウイルスや結核菌などの病原体の遺伝子をPCR検査にて検出します。迅速抗原検査に比べ、少ない病原体量でも検出することができます。